我查不到相關的資訊，我也覺得你的情況滿詭異的。
我本來以為有可能是follow tempo不小心打開了，才造成聽起來怪怪的。但如果監聽一樣有狀況，那就不是這原因了。
如果是我可能會測試幾個地方~
1. 假設你的是macbook pro的話，先不接錄音介面，單純用Mac內建的mic測試錄音看是否正常。
2. 雖然你有測試別的軟體錄音，但我可能還是會把錄音介面的連接線換一條測試看看。
3. Logic Pro更新到最新版了嗎? (11.0.1)，還沒的話更新測試看看。
4. 如果都還是找不到問題，那之後又都是正常，那我可能會考慮備份後完整移除Logic Pro，然後再重新安裝一次。
以上請參考看看，抱歉沒能幫上忙。